どうやらプラグインのバグのようで、以下の手順で治るらしいです。
counter.inc.php の 111行の
$is_yesterday = ($counters[$page]['date'] == get_date('Y/m/d', strtotime('yesterday', UTIME)));
を
$is_yesterday = ($counters[$page]['date'] == get_date('Y/m/d', UTIME - 24*60*60));
に変更。
参考URL: http://pukiwiki.sourceforge.jp/dev/?BugTrack2%2F141